De collectie Dubois bestaat uit zo’n 40.000 fossiele objecten die tussen 1887 en 1900 door Eugène Dubois in Indonesië zijn verzameld. Het is een unieke verzameling die een beeld geeft van de prehistorische fauna op Java en Sumatra. Naast fossielen bevat de collectie persoonlijke eigendommen, zoals een archief, meetinstrumenten, het koffertje van Dubois en zelfs enkele van zijn tanden die getrokken moesten worden en die hij gebruikte om ze te vergelijken met fossiele tanden van mensen en apen. Een topstuk van de collectie is een schedelkapje van Homo erectus, waarmee Dubois als eerste bewijs vond van de directe voorouder van de moderne mens. De Dubois-collectie wordt door onderzoekers van over de gehele wereld onderzocht. Zo werd een aantal jaar geleden een schelp met een geometrisch krassenpatroon onderzocht. De versiering moet zo’n 500.000 jaar geleden door Homo erectus zijn gemaakt en is de oudste door mensen gemaakte inscriptie. Op 26 september 2025 maakte de Nederlandse overheid bekend dat de zogeheten Dubois-fossielen, waaronder het beroemde schedelkapje van de eerst gevonden Homo erectus, terug gaan naar Indonesië. Naturalis voert die teruggave uit.

Alternative form voor Collectie Dubois : special-collection|dubois.