Het Javaans pijlstaartvlieghondje is een eekhoorn met een donkerbruine rug en beige buik. Inclusief staart is hij zo’n 25 centimeter lang. Zijn wangen zijn grijs met een rode gloed. Tussen zijn voor- en achterpoten zitten huidplooien waarmee hij, als hij ze strak trekt, tientallen meters zweeft. Zo verplaatst hij zich snel tussen de bomen en ontkomt hij aan roofdieren. Hij heeft grote ogen omdat hij ‘s nachts actief is. Vrouwtjes werpen twee keer per jaar.